Direktorat Lalu Lintas dan Angkutan Kereta Api mempunyai tugas melaksanakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang lalu lintas dan angkutan kereta api.

Dalam melaksanakan tugasnya, Direktorat Lalu Lintas dan Angkutan Kereta Api menyelenggarakan fungsi :

  1. Penyiapan perumusan kebijakan di bidang penataan dan pengembangan jaringan, lalu lintas dan angkutan kereta api, serta kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  2. Penyiapan pelaksanaan kebijakan di bidang penataan dan pengembangan jaringan, lalu lintas dan angkutan kereta api, serta kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  3. Penyiapan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang penataan dan pengembangan jaringan, lalu lintas dan angkutan kereta api, serta kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  4. Penyiapan pelaksanaan pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang penataan dan pengembangan jaringan, lalu lintas dan angkutan kereta api, serta kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  5. Penyiapan evaluasi dan pelaporan di bidang penataan dan pengembangan jaringan, lalu lintas dan angkutan kereta api, serta kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian; dan
  6. Penyiapan pelaksanaan urusan tata usaha, keuangan, kepegawaian, pengelolaan teknologi informasi dan komunikasi, dan rumah tangga Direktorat.

Direktorat Lalu Lintas dan Angkutan Kereta Api, terdiri atas:

  1. Subdirektorat Penataan dan Pengembangan Jaringan;
  2. Subdirektorat Lalu Lintas;
  3. Subdirektorat Angkutan;
  4. Subdirektorat Kerjasama dan Pengembangan Usaha; dan
  5. Subbagian Tata Usaha.

Secara rinci Struktur Organisasi Direktorat Lalu Lintas dan Angkutan Kereta Api dapat di lihat pada gambar berikut :

1. Subdirektorat Penataan dan Pengembangan Jaringan

Tugas : Melaksanakan penyiapan perumusan, pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria serta pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang jaringan jalur kereta api baik perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus.

Fungsi :

  • Penyiapan bahan perumusan kebijakan di bidang jaringan jalur kereta api baik perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;
  • Penyiapan bahan pelaksanaan kebijakan di bidang jaringan jalur kereta api baik perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;
  • Penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang jaringan jalur kereta api baik perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;
  • Penyiapan bahan pelaksanan bimbingan teknis dan supervisi di bidang jaringan jalur kereta api baik perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;

Subdirektorat Penataan dan Pengembangan Jaringan terdiri atas :

a. Seksi Penataan Jaringan

Seksi Penataan Jaringan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan standar, norma, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang penataan jaringan jalur kereta api untuk jangka pendek, menengah dan panjang, pemantauan dan evaluasi kelas jalur kereta api, pemanfaatan dan kondisi jaringan jalur kereta api, pemantauan dan evaluasi standar, kelas stasiun, pemanfaatan dan kondisi stasiun, penataan jaringan jalur kereta api yang beroperasi dan tidak beroperasi, pengelolaan data dan informasi penataan jaringan jalur kereta api.

b. Seksi Pengembangan Jaringan

Seksi Pengembangan Jaringan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan standar, norma, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang pengembangan jaringan jalur kereta api untuk jangka pendek, menengah dan panjang, penyusunan rencana pembangunan, rencana kelayakan, rencana teknis perkeretaapian, pemantauan dan evaluasi rencana kelayakan, rencana teknis perkeretaapian, pemantauan dan evaluasi pengembangan jaringan jalur kereta api baru, penetapan trase jalur kereta api, penyiapan bahan integrasi jaringan jalur kereta api antarmoda dan intermoda di bidang perkeretaapian, pemantauan dan evaluasi analisa mengenai dampak lingkungan (AMDAL) di bidang perkeretaapian.

2. Subdirektorat Lalu Lintas

Tugas : melaksanakan penyiapan perumusan, pelaksanaan kebijakan, penyusunan standar, norma, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, serta evaluasi dan pelaporan di bidang lalu lintas baik lalu lintas perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus.

Fungsi :

  • Penyiapan bahan perumusan kebijakan di bidang lalu lintas baik lalu lintas perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;
  • Penyiapan bahan pelaksanaan kebijakan di bidang lalu lintas baik lalu lintas perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;
  • Penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang lalu lintas baik lalu lintas perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;
  • Penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang lalu lintas baik lalu lintas perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus;
  • Penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan di bidang lalu lintas baik lalu lintas perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus.

Subdirektorat Lalu Lintas terdiri atas :

a. Seksi Lalu Lintas Antarkota

Seksi Lalu Lintas Antarkota mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang lalu lintas kereta api antarkota, perencanaan, penetapan pemantauan dan evaluasi grafik perjalanan kereta api (GAPEKA), penetapan, pemantauan dan evaluasi kinerja jaringan pelayanan dan lintas pelayanan kereta api antar kota, penetapan, pemantauan dan evaluasi pola operasi perjalanan kereta api antarkota, pengelolaan data dan informasi lalu lintas antarkota, penyelenggaraan, pemantauan dan evaluasi lalu lintas kereta api pada masa Lebaran, Natal dan Tahun Baru, penetapan, pemantauan dan evaluasi kapasitas lintas dan kinerja jaringan jalur kereta api, penyiapan bahan program, evaluasi, pelaporan dan dokumentasi pengembangan lalu lintas kereta api antar kota.

b. Seksi Lalu Lintas Perkotaan

Seksi Lalu Lintas Perkotaan mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang lalu lintas kereta api perkotaan, perencanaan, penetapan pemantauan dan evaluasi grafik perjalanan kereta api (GAPEKA), penetapan, pemantauan dan evaluasi kinerja jaringan pelayanan dan lintas pelayanan kereta api perkotaan, penetapan, pemantauan dan evaluasi pola operasi perjalanan kereta api perkotaan, pengelolaan data dan informasi lalu lintas perkotaan, penyelenggaraan, pemantauan dan evaluasi lalu lintas kereta api pada masa Lebaran, Natal dan Tahun Baru, penetapan, pemantauan, dan evaluasi kapasitas lintas dan kinerja jaringan jalur kereta api penyiapan bahan program, evaluasi, pelaporan dan dokumentasi pengembangan lalu lintas kereta api perkotaan.

3. Subdirektorat Angkutan

Tugas : melaksanakan penyiapan perumusan, pelaksanaan kebijakan, penyusunan standar, norma prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan pelaopan di bidang angkutan kereta api baik angkutan orang maupun angkutan barang.

Fungsi :

  • Penyiapan bahan perumusan kebijakan di bidang angkutan kereta api baik angkutan orang maupun angkutan barang;
  • Penyiapan bahan pelaksanaan kebijakan di bidang angkutan kereta api baik angkutan orang maupun angkutan barang;
  • Penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang angkutan kereta api baik angkutan orang maupun angkutan barang;
  • Penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi di bidang angkutan kereta api baik angkutan orang maupun angkutan barang;
  • Penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan di bidang angkutan kereta api baik angkutan orang maupun angkutan barang.

Subdirektorat Angkutan terdiri atas :

a. Seksi Angkutan Penumpang

Seksi Angkutan Penumpang mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian teknis dan supervisi, serta evaluasi dan laporan di bidang angkutan penumpang, pelaksanaan pemantauan dan evaluasi kinerja dan kebutuhan angkutan penumpang, penetapan, pemantauan, dan evaluasi penempatan dan tarif kereta api perintis, perumusan kebijakan dan evaluasi serta verifikasi kewajiban pelayanan publik (Public Service Obligation) dan subsidi angkutan perintis, pelaksanaan penetapan pemantauan dan evaluasi standar pelayanan minimum (SPM) dalam perjalanan dan stasiun serta lintas pelayanan, pelaksanaan penyusunan pedoman perhitungan, pemantauan dan evaluasi tarif angkutan penumpang, pengelolaan data dan informasi pengembangan angkutan penumpang, dan penyiapan bahan program, evaluasi, pelaporan dan dokumentasi angkutan penumpang di bidang perkeretaapian.

b. Seksi Angkutan Barang

Seksi Angkutan Barang mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis, dan supervisi di bidang angkutan barang, pelaksanaan pemantauan dan evaluasi kinerja dan kebutuhan angkutan barang, pengelolaan data dan informasi pengembangan angkutan barang kereta api, pelaksanaan penyusunan pedoman perhitungan, pemantauan dan evaluasi tarif angkutan barang, pemantauan dan evaluasi standar pelayanan angkutan barang dalam perjalanan dan di stasiun kereta api barang, administrasi pelaksanaan angkutan motor gratis dengan kereta api pada masa angkutan lebaran, penyiapan bahan program, evaluasi, pelaporan dan dokumentasi angkutan barang di bidang perkeretaapian.

4. Subdirektorat Kerjasama dan Pengembangan Usaha

Tugas : melaksanakan penyiapan perumusan, pelaksanaan kebijakan, penyusunan standar, norma, prosedur dan kriteria, serta pemberian bimbingan teknis dan supervisi, evaluasi dan pelaporan kerja  sama dan pengembangan di bidang perkeretaapian baik perkeretaapian umum maupun perkeretaapian khusus.

Fungsi :

  • Penyiapan bahan perumusan kebijakan kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  • Penyiapan bahan pelaksanaan kebijakan kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  • Penyiapan bahan penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  • Penyiapan bahan pelaksanaan bimbingan teknis dan supervisi kerja sama dan pengembangan usaha di bidang perkeretaapian;
  • Penyiapan bahan evaluasi dan pelaporan kerja sama dan pengembangan bidang perkeretaapian.

Subdirektorat Kerjasama dan Pengembangan Usaha terdiri dari :

a. Seksi Penyelenggaraan Kerjasama

Seksi Penyelenggaraan Kerjasama mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi penyelenggaraan kerjasama di bidang perkeretaapian, penetapan, pemantauan dan evaluasi Kerjasama Pemerintah Swasta (KPS), penetapan pedoman, perhitungan, pemantauan dan evaluasi pelaksanaan pengenaan biaya atas penggunaan prasarana perkeretaapian (Track Access Charge), penyiapan bahan pelaksanaan penetapan inventarisasi dan pengawasan aset pemerintah di bidang perkeretaapian yang dapat dikerjasamakan, pengelolaan data dan informasi penyelenggaraan kerjasama bidang perkeretaapian, evaluasi dan pelaporan kerjasama bidang perkeretaapian, pelaksanaan pemantauan dan evaluasi nilai kerjasama pemanfaatan prasarana dan sarana perkeretaapian, pengelolaan data dan informasi penyelenggaraan kerjasama, penyiapan bahan program, evaluasi, pelaporan dan dokumentasi penyelenggaraan kerjasama di bidang perkeretaapian.

b. Seksi Pengembangan Usaha

Seksi Pengembangan Usaha mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan perumusan dan pelaksanaan kebijakan, penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria, pemberian bimbingan teknis dan supervisi pengembangan usaha di bidang perkeretaapian, penetapan, pemantauan dan evaluasi pengembangan usaha perkeretaapian, penyiapan bahan penetapan, pemantauan, evaluasi serta pelaporan persetujuan prinsip pembangunan dan izin operasi perkeretaapian khusus, penetapan, pemantauan, evaluasi serta pelaporan izin usaha dan izin operasi bidang penyelenggaraan perkeretaapian umum, pengelolaan data dan informasi pengembangan usaha bidang perkeretaapian, penetapan, evaluasi serta pelaporan badan usaha penyelenggara prasarana perkeretaapian, pelaksanaan pemantauan dan evaluasi promosi investasi di bidang perkeretaapian, penyiapan bahan program, evaluasi, pelaporan dan dokumentasi pengembangan usaha di bidang perkeretaapian.

5. Sub Bagian Tata Usaha

Sub bagian Tata Usaha mempunyai tugas melakukan urusan tata usaha, kepegawaian, dan rumah tangga Direktorat.