Struktur Organisasi Balai Teknik Perkeretaapian Kelas II Palembang, terdiri atas :
- Subbagian Tata Usaha;
- Seksi Lalu Lintas, Sarana dan Keselamatan Perkeretaapian;
- Seksi Prasarana Perkeretaapian;
- Jabatan Fungsional Tertentu;
- Satuan Pelayanan.
Struktur Organisasi Balai Teknik Perkeretaapian Kelas II Palembang, terdiri atas :