Struktur Organisasi Balai Teknik Perkeretaapian Kelas II Palembang, terdiri atas :

  1. Subbagian Tata Usaha;
  2. Seksi Lalu Lintas, Sarana dan Keselamatan Perkeretaapian;
  3. Seksi Prasarana Perkeretaapian;
  4. Jabatan Fungsional Tertentu;
  5.  Satuan Pelayanan.