Balai Teknik Perkeretaapian Kelas I Medan, terdiri atas:
  1. Kepala Balai;
  2. Subbagian Tata Usaha;
  3. Seksi Lalu Lintas dan Angkutan Kereta Api;
  4. Seksi Prasarana Perkeretaapian;
  5. Seksi Sarana dan Keselamatan Perkeretaapian; dan
  6. Kelompok Jabatan Fungsional.