Balai Teknik Perkeretaapian Kelas II Wilayah Sumatera Bagian Utara, terdiri atas:
  1. Seksi Prasarana Perkeretaapian;
  2. Seksi Lalu Lintas, Sarana dan Keselamatan Perkeretaapian;
  3. Subbagian Tata Usaha.