Peraturan Pemerintah nomor 60 tahun 2008 tentang Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) mewajibkan setiap instansi Pemerintah, baik instansi Pemerintah Pusat maupun instansi Pemerintah Daerah, untuk melakukan  pengendalian atas penyelenggaraan kegiatan pemerintahan dengan berpedoman pada sistem pengendalian intern sebagaimana diatur dalam peraturan pemerintah tersebut.

Penyelenggaraan SPIP dimaksudkan untuk memberi arahan dalam pengendalian penyelenggaraaan kegiatan pemerintahan mulai dari perencanaan, pelaksanaan, pengawasan, sampai dengan pertanggungjawaban sehingga dapat terlaksana secara tertib, terkendali, serta efektif dan efisien. Dalam rangka mencapai tujuan dan sasaran organisasi serta untuk mewujudkan tata kelola pemerintahan yang baik, maka penerapan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah menjadi tanggung jawab bersama tidak hanya pada unit kerja terkecil namun hingga kepada masing-masing individu.

Berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan nomor PM 25 tahun 2018 tentang Tata Cara Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah di Lingkungan Kementerian Perhubungan bahwa ruang lingkup penyelenggaraan SPIP mencakup  langkah-langkah yang harus ditempuh  dalam  pelaksanaan  penilaian  efektivitas  lingkungan pengendalian, identifikasi risiko, analisa risiko, merancang rencana perbaikan kegiatan pengendalian, rencana perbaikan informasi dan komunikasi serta rencana perbaikan pemantauannya.

Selain itu, setiap penyelenggara SPIP di unit kerja wajib menyusun, mencatat, dan menyampaikan laporan penyelenggaraan SPIP kepada unit kerja Eselon I terkait. Laporan penyelenggaraan SPIP yang disusun setiap tahun berisi rencana pelaksanaan seluruh unsur SPIP yang mencakup unsur lingkungan pengendalian, penilaian risiko, kegiatan pengendalian, informasi dan komunikasi, serta pemantauan pengendalian intern dalam kurun waktu satu tahun.

Penyelenggaraan SPIP di lingkungan Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian berfungsi sebagai sistem peringatan dini (early warning system) yang dapat dimanfaatkan oleh pimpinan dan pegawai untuk mendeteksi dan mencegah adanya risiko yang akan menghambat dalam proses pencapaian tujuan serta untuk meminimalisasi risiko dan mengurangi dampak agar tujuan organisasi dapat tercapai secara efektif dan efisien.

Tujuan penyusunan laporan penyelenggaraan SPIP Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian meliputi:

1. Penilaian risiko dalam melaksanakan program/kegiatan pada unit kerja Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian termasuk tata cara pengendalian resiko yang diidentifikasi;
2. Tersedianya informasi apabila terdapat permasalahan dalam pencapaian target dan tujuan kegiatan sehinggga dapat dilakukan upaya penyelesaian permasalahan agar hasil yang dicapai dapat optimal;
3. Mendorong pelaksanaan pengawasan intern lingkup Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian yang lebih optimal sehingga setiap kegiatan terlaksana sesuai ketentuan yang berlaku dengan efektif dan efisien, transparan dan akuntabel dalam pencapaian target dan tujuan kegiatan;
4. Mewujudkan implementasi reformasi birokrasi di lingkungan Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian.

Penyelenggaraan SPIP di lingkungan Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian mengacu pada Peraturan Menteri Perhubungan nomor PM 25 tahun 2018 tentang Tata Cara Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah di Lingkungan Kementerian Perhubungan, dengan output penyelenggaraan SPIP meliputi:

1. Daftar kelemahaan lingkungan pengendalian unit kerja;
2. Penilaian resiko mencakup ldentifikasi Resiko dan Analisis Resiko;
3. Rencana tindak pengendalian mencakup kegiatan pengendalian, informasi dan komunikasi, serta pemantauan pengendalian intern;
4. Pemantauan rencana tindak pengendalian yang telah dilaksanakan selama tahun berjalan.

Daftar kelemahan lingkungan pengendalian Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian telah disusun berdasarkan hasil pengisian kuisioner Survey Control Environment Evaluation (CEE) dimana diperoleh kelemahan pengendalian adalah pada sub unsur Penegakan Integritas dan Nilai Etika serta Kebijakan Pengembangan SDM.

Dokumen penyelenggaraan SPIP berupa daftar resiko, peta risiko dan rencana tindak pengendalian telah disusun untuk kegiatan operasional/rutin yaitu sebanyak 59 kegiatan oleh pemilik risiko di lingkungan Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretapian. Selanjutnya telah dilakukan pemantauan terhadap realisasi dari rencana tindak pengendalian

Direktorat Jenderal Perkeretaapian telah melakukan penilaian mandiri pada seluruh unit kerja termasuk Sekretariat Direktorat Jenderal Perkeretaapian dan yang diajukan untuk dilakukan penjaminan kualitas oleh APIP/Itjen Kementerian Perhubungan sebanyak 7 unit kerja yaitu 5 unit eselon II (Setditjen, Direktorat LLAKA, Direktorat Prasarana, Direktorat Sarana, Direktorat Keselamatan) dan 2 unit eselon III/UPT (Balai Teknik Perkeretaapian Jawa Barat dan Balai Pengujian Perkeretaapian) dengan diperoleh hasil nilai level maturitas SPIP sebesar 3,578 (terdefinisi). Dengan karakteristik level maturitas SPIP ini menunjukan bahwa organisasi telah mampu mendefinisikan kinerjanya dengan baik dan strategi pencapaian kinerjanya telah relevan dan terintegrasi, serta pengendalian telah dilaksanakan namun belum efektif untuk perlu banyak perbaikan perbaikan di masa yang akan datang.